Spoilers majeurs ci-dessous !
À la fin du film épique d'aventures de monstres de Peter Jackson en 2005, Roi Kong , le singe éponyme tombe de l'Empire State Building et meurt après avoir perdu une bataille avec des pilotes de chasse. Carl Denham de Jack Black se tient à côté de son cadavre géant sur le trottoir en contrebas et dit d'un air morbide : « Ce n'étaient pas les avions. C'était la Belle qui avait tué la Bête. C'est une fin tragique pour l'énorme primate qui n'a jamais demandé à être traîné à New York et transformé en un spectacle de monstres, et cela s'est déroulé de la même manière depuis sa première apparition sur grand écran en 1933. Heureusement, le Kong dans Kong : L'Île du Crâne obtient une meilleure offre.
La version du réalisateur Jordan Vogt-Roberts abandonne judicieusement l'intrigue « amenons King Kong à New York », choisissant plutôt d'approfondir un peu le rôle de Kong sur l'île. Le scientifique Bill Randa (John Goodman) est membre de l'organisation gouvernementale top-secrète Project Monarch et décide de rassembler un équipage pour l'accompagner dans une expédition vers la mystérieuse et inexplorée Skull Island dans le Pacifique Sud en 1973. Il recrute l'escadron d'hélicoptères Sky Devils dirigé par le lieutenant-colonel Preston Packard (Samuel L. Jackson) ainsi que le traqueur James Conrad (Tom Hiddleston). et le photographe de guerre Mason Weaver (Brie Larson). Il ne faut pas longtemps à Kong pour surgir de la jungle et commencer à frapper des hélicoptères remplis de soldats hors du ciel, ce qui tue immédiatement une tonne de personnes, mais laisse un groupe restreint de survivants pour tenter de traverser l'île dans trois jours pour leur prise en charge prévue.
Alors que le groupe tente désespérément de survivre, ils rencontrent Hank Marlow (John C. Reilly), un pilote américain qui s'est retrouvé bloqué sur l'île 30 ans plus tôt après la chute de son avion de la Seconde Guerre mondiale. Il a survécu en s'attirant les bonnes grâces des autochtones de l'île, qui adorent Kong comme un Dieu puisqu'il les protège, ainsi que le reste de l'île, des monstres reptiliens (« Skullcrawlers ») qui vivent sous terre. La seule chose qui empêche le chef des Skullcrawlers, « le Grand », de s'élever et de tout détruire est l'existence de Kong. La plupart des membres du groupe conviennent que Kong, bien que terrifiant, est nécessaire, et que ce sont eux qui empiètent sur son territoire. Malgré cela, Packard, furieux que le singe colossal ait tué ses soldats et désespéré d'avoir une dernière mission pour donner un sens à sa vie, est déterminé à tuer Kong.
Packard installe un piège rempli d'explosifs pour faire exploser Kong, mais Marlow, Weaver et Conrad se précipitent pour l'arrêter. Malheureusement, le piège blesse Kong et l'Alpha Skullcrawler se réveille. Après que Kong ait tué Packard d'un coup de poing déchirant, il défend le reste des humains et son île contre l'Alpha Skullcrawler. Avec l'aide d'une puissante mitrailleuse, Kong parvient à vaincre le monstre et permet aux personnes restées dans l'expédition de quitter son île en paix. Bien qu'il ne meure pas Kong : L'Île du Crâne , une scène post-générique révèle qu'une suite est en préparation qui verra Kong affronter Godzilla. Va-t-il survivre à la fin de ce film comme il le fait dans les années 1962 ? Roi Kong vs. Godzilla ? Il faudra attendre 2020 pour le savoir.
